佛法强调的是心法。然而当我们的身体在造作诸如绕塔、礼拜……等善业时，此心却可能是不清净的。譬如说，手上持著念珠持咒念佛，心里也许仍含杂强烈的爱憎之心。像这样，身、口二业虽在造作诸善，意业却不清净。然而，若是当我们的心在观修无常，大悲心进而与法相应时，那个时候是不会造作恶业的。所以，真正能在法上受用的，无疑是我们的心。
那麽，何谓「心」呢？它并不是色法，没有颜色形状，是一种唯光明、能了知、能感受的本体，而且心识的种类甚多，譬如依著眼根而有眼识乃至依著各种根器而产生各种的识。再如因我们人身而有人的心识、依著畜牲根器而形成畜牲的心识……等。在「密续」里，更是明显区分了心识的粗细分，如醒时的心、睡梦的心、无梦而沈睡的心、昏厥时的心……等。由此可知，各种不同的心识中，依著「缘」的不同而有不同分别。所以，此一唯光明、能了知、能感受的心是一直持续著的。
然而，这样一个觉明的心的本体，它到底具不具有缺失呢？实则，此一唯了知、唯光明的心之本体是超越功德或过患的。
我们如果仔细观察的话，会发现我们的心总在忆念过去，悬挂未来之间产生许多分别。这些分别可以透过安住於当下的修持而予以遮止。虽说刚开始会有点困难，但慢慢修习总可达到。当我们安住此心到了一定程度，会感觉一片空寂，然後在空寂中慢慢现起此心唯光明、唯了知的本体。此一过程须落实於经验层面，而上述心性的本质自无始以来乃至成佛之际一直都有。
像这样的心，可以看到仍是刹那生灭的。这说明了心也是依著某种「因」而有，所以心识的产生必然有它的近取因。也就是说，这般唯了知、唯光明的心的本质在它生起之前，一定是由唯了知、唯光明的前一心识所导致，不可能由色法而有。因此，心的产生，是由前前心识而导生後後的心识，这是心性法尔如是的道理。那麽以色法来说，比如我们的身体，也可发现它的近取因，如：必有其父母乃至更早的祖先，而一直往上推溯就到了世界未形成前。依据《时轮金刚密续》的说法，世界形成之前虚空充满了微尘，这些微尘是形成世界的一个要素。
因此可知，所有事物是由前前导生後後，是无始以来一直连续而有的。若说是无因无缘突然而有的话，就违反了因果理则。圣天菩萨在《四百论》中说到，色法是无始却是有终的；心识是无始但是无终的。因为这个道理，佛教有关前生後世的理论就是从此处安立起来的。
前已述及，心有粗分、细分种种心识的分别。就事实来说，此心是依著身体构造而安住的。譬如很多粗的心识，乃依著身体才得以安住，所以当身体日渐衰微时，粗分心识也慢慢随之转变；身是能依，心是所依。然而这并非意谓：生起此心唯了知、唯光明的本质是源於身体。实则，生起心之本体的，乃来自於前前的心识，亦即以心本身前面的心识作为「等无间缘」，而此一唯了知、唯光明的心之体性，就是一种细分心识。
在生活中我们可以发现，当生气的时候，整个心绪都会陷入混乱。然而也可以看到的是：愤怒状态是暂时性的现象，甚至能够加以转化。某些因缘下，我们生起嗔恚；某些因缘下，则又发出慈悲。而就心性的光明、了知的本质来说，它是没有垢染的。所以我们称「心」是自性清净。
事实上，心有时会生起嗔恚、贪欲、骄傲、嫉妒……等烦恼，虽说生起当下的力量极大，但如我们仔细观察会发现，这些烦恼只是暂时性的，且其背後并无太多可资成立的正当理由。相反的，诸如慈心、悲心乃至证得无常、无我的心，这些都有正理可以安立――我们愈深入地观察，会觉得这道理愈来愈明显。依照《中观》的论点，烦恼的根源是愚痴。什麽是愚痴呢？就是对诸法、诸境的颠倒执持。这一种颠倒执持可以经由非颠倒的见，证得非颠倒见的心来加以去除。换言之，烦恼习气的力量固然很大，但我们若能生起对治力，就可以根本对治了。
所以，基於两点：第一、心识的体性是光明清净的；第二、心识上的垢染能够经由对治予以净除。因为这两点理由，我们得以安立证悟解脱的可能性。而当「烦恼障」、「所知障」等粗细垢染彻底净除之後，就是成就佛果了。
因此我们可以简单地说，佛陀的教法就是为了对治、根除烦恼的。但由於不可能立即断除，而必须分为三个阶段：第一阶段，先把由烦恼产生的身口意恶行加以遮止；第二阶段，经由修持直接对治烦恼本身；第三阶段，净除烦恼所留下的余习即「所知障」。三个阶段正如《四百论》所说：「初断不善业，中间断我执，最後断蕴执，而入解脱道。」
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