顶果法王的偈言接下来第三句提到：最后，「后以秘密上师于自心，令念解于空性为至要。」在这里第三个阶段（或说第三个层次）的上师──秘密的上师，唯有当你真正从各种迷惑中解脱出来时，这时候你才能够真正说体会到了「秘密的上师」；换句话说，它就是你的自心，自心的本质，自心的实相。因此，我们可以说「秘密的上师」或「究竟的上师」，就是我们的自心本性，心的实相。
在大手印的教法里面，所谓秘密的上师或究竟的上师，称之为「法性意义的上师」，或者叫「法性义的上师」。第九世大宝法王旺秋多杰在《了义海》当中是这样子提到的。
所以，这个「秘密的上师」，它就是我们自心的实相，自心的本质。这个究竟的上师，从来没有跟我们分离过，它就在我们自心中。
当我们能够真正碰触到自心的本质或者实相的时候，换句话说，就是真正碰触到「秘密的上师」、「法性实义的上师」时，我们的念头将能够解脱于空性，这里的空性，也就是指法界中。
在大圆满与大手印这两个传承中，都提到说，这个究竟的上师，或说这真实的上师，它不在外面，它在我们的心中，它是在里面的。就是说，真实的佛就在你的心中，然而我们总是向外去找寻一个佛；所以真实的上师就在你的心中，然而我们总是向外去找一个上师。
——摘引自竹庆本乐仁波切开示《什么是上师》
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附录：《深要教导》/顶果钦哲仁波切
先由外在上师示法教，转心趋向佛法为至要；
中以内在上师闻与思，令法趋入正道为至要；
后以秘密上师于自心，令念解于空性为至要；
前中后三上师合为一，令惑显为智慧为至要；
象征实义表法上师宝，与我不离切信为至要。
忆师恩与虔信若无缺，三界一切处皆得加持；
虔诚信心确信若未生，上师为父亦无有是处。
上师究竟不执于色身，了义法身上师遍轮涅。
若不识自性不见己惑，则以口诀金匙来开眼，
百信之眼一开将照见，上师与我无聚亦无散。
由此力生无漏功德聚，一如茂春欢悦之雨云，
加持成就事业泉源处，得获确信定无有疑虑！
学修兼备教言之精华，我今以此献礼极深要！
～这些口诀，是芒噶朗（义为吉祥，即尊圣的顶果钦哲法王）对具信的邬金所宣说的。
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